El área protegida comprende la Isla Zapatera e islotes adyacentes y una parte acuática en el Lago de Nicaragua. La isla Zapatera es la segunda en tamaño entre las que pueblan el Lago de Nicaragua.
Tiene forma aproximadamente rectangular (10 x 5.5 km.), estando separada de la costa lacustre por un estrecho que promedia entre 2 y 5 km. La bahía de Chiqueros, en su vértice noroeste es un antiguo cráter invadido por el lago. Muy cerca de ella, dentro de la isla, se abre la laguna cratérica de Zapatera que ocupa el fondo de una depresión ovalada.
La topografía de la isla es irregular, con presencia de rocas basáltica con su punto culminante, el cerro Zapatera que se eleva unos 629 metros sobre la superficie del lago. Las penínsulas de Sonzapote (vértice NE) y Terrón Colorado (vértice SO) son lomas pedregosas que se proyectan en el lago.
En su extremo suroeste (punta Ojochal) la isla, está separada de la tierra firme por un estrecho de 400 metros, que cada año se sedimenta más con el aluvión aportado por la desembocadura vecina del río Ochomogo.
Este ha formado un extenso banco de arena en el lugar, lo cual predice la pronta anexión de la isla a la tierra firme por esta esquina con el sector conocido como Punta El Menco.
La isla Zapatera fue una especie de santuario aborigen a juzgar por las numerosas estatuas esculpidas en roca que se encontraban en la isla, cuando fueron descubiertas, descritas y dibujados por los exploradores Ephraim G Squier en 1850 y Carl Bovallius en 1883.
Algunas de ellas se exhiben en el convento-museo de San Francisco en la ciudad de Granada. Por la misma razón la isla es muy rica en antiguos centros ceremoniales, montículos de piedra y piezas de cerámica, lo cual ha desatado desde hace muchos años un incontrolable saqueo de estas piezas, algunas de las cuales figuran en colecciones particulares.
Se cree que las estatuas de Zapatera fueron esculpidas por los chorotegas a principios del milenio, pero sufrieron de la iconoclasia de los fanáticos frailes españoles y del clima húmedo y cálido de las islas lacustres, al grado de haberse borrado muchos de sus rasgos originales.
La isla Zapatera es el resto muy erosionado de un antiguo volcán que se formó sobre la fractura volcánica del Pacífico de Nicaragua. Se trata de una estructura muy antigua, posiblemente originada antes de la formación del lago de Nicaragua
Su cresta culminante tiene la forma de una loma desgastada (Sierra de Santa Julia), es el resto de lo que parece ser el borde sur de una primitiva caldera, en cuyo centro se levantó un pequeño cono (Cerro El Llano). El edificio volcánico es muy complejo, con algunas estructuras adventicias y un par de cráteres (Chiqueros y La Laguna) ocupando la esquina noroeste.
La precipitación pluvial en la isla es de aproximadamente 1,500 mm³ anuales, concentrados en la estación lluviosa. También son frecuentes en invierno los chubascos repentinos, a veces precedidos por un viento fuerte (llamado localmente Tasca), que sopla a barlovento de la isla.
En el área protegida se encontraron sitios con bosques que deberían ser consideradas como bancos de germoplasma de especies forestales, por ejemplo: Madroño y Pochote de los cuales hay especímenes de muy buen fuste y porte en estos bosques de Zapatera.
Sobre las piedras, especialmente de la orilla, hay mata de Piedra (Anturium), mas adentro abunda el tionoste (Acanthocereus) y una cactacea cilíndrica más delgada (Nyctocereus), Muanda, también hay cola de pava (Aphelandra) y quesillo (Malvaviscus).
El sector este de la isla es muy azotado por el viento, recibiendo un fuerte oleaje, la vegetación del sitio es diferente a los otros puntos muestreados. El bosque (20-25 m de altura) presenta en la orilla del lago: elequeme (Eritrina cresta-galli), higuera ó matapalo (Ficus), roble (macuelizo) que presenta unas raíces tablares que bien podría ser otra especie ya que no se observaron partes reproductivas mas adentro: una Euphorbia arbórea (10 m), y jiñocuabo; situación que está indicando dos extremos, una vegetación ribereña adaptada a raíces inundadas y dos especies adaptadas a condiciones muy secas (resistentes a los efecto de los constantes vientos). El sotobosque está dominado por Iguana (Syngonium).
En el sector oeste más protegidos del viento se encuentran formaciones de humedales donde se encuentran flotando sobre el agua el jacinto de agua, lechuga de agua, Salvinia y las hojas del mondongo de agua, la que es raro encontrar (2 especímenes visto), un raro helecho flotante (posiblemente un Polypodium); tiene pedicelos hinchados y esponjosos que funcionan de boya para la planta, las frondas jóvenes aunque son circinadas dan la apariencia de hoja de alguna especie de Apiacea, las frodas desarrolladas tienen la forma de hastas de Alce como en algunas especies de Polypodium y otros helechos. En las charcas hay Lemna.
En las orillas hay soroncontil, un tipo de huevo de rana de flores amarillas (Aeschynomene), zarza (Mimosa pigra), Jussiea, vainilla (Sesbania), tule (Typha) y zacates como Echinocloa, uno llamado carrizo que parece caña japonesa y otro con espigas como isopo, muchas de estas especies son típicas en las partes húmedas de la región del Atlántico.
La fauna de la isla ha disminuido por la deforestación, el incendio de bosques y matorrales bajos, extensión de cultivos, los cazadores furtivos y recolectores de fauna menor, etc. En décadas pasadas era abundante, contándose incluso entre ellos venados, pumas y jaguares, hoy considerados como extintos en la isla. Entre los animales observados están los sahínos, perezosos, monos, pizotes, pericos y otros de menor talla.
Las aves están bien representadas. Hay colonias de aves acuáticas en algunos sitios solitarios, especialmente en la isla Tinaja, pudiéndose observar Pato Chancho, Pato Aguja, Pato Real, Piche, Zarceta, Gallarda (ploma), Patito Perrito (chiquito), Martín, Peña, Guairón, Serenero, Cuaco, Gallina de Playa, Punco, Gallina de Guinea de Playa, entre otros...
En La Guinea hay 13 familias viviendo, el lugar presenta mucha actividad con la reparación y construcción de barcos y botes, preparación del Gaspar asado-ahumado. La mayoría se dedica a pescar Sábalo y Gaspar en Solentiname luego lo preparan para la venta en Granada.
Los núcleos de población mas importantes y cercanos al área protegida es la ciudad de Granada y los caseríos de la Punta El Menco.
PrivadaSe considera que un estimado del 90 % de la tierra es de propiedad privada la cual abarca todas las tierras de bosques, cultivos y pastizales.
Se presentan conflictos de tierra donde se encuentran asentados los pobladores conocidos como Waslalas y que se asentaron en Zonzapote en demanda de tierras.
Presenta un paisaje insular-lacustre con costas, ensenadas, islotes y una laguna cratérica accesible.
El área protegida solo tiene un cuerpo de agua permanente en la laguna cratérica de Zapatera, con aguas no apta para el consumo humano, se encuentran pocas y pequeñas vertientes muy próximas a la costa.
La mayoría de la gente local consume agua del lago de Nicaragua que tiene óptimas calidades de potabilidad, pero requiere tratamiento de esterilización bacteriológica.
La isla Zapatera ofrece por todos lados rincones atractivos y paisajes esplendentes. Desde sus costas y cerros se pueden observar el volcán Mombacho, los volcanes de Ometepe y perderse la vista en la vastedad del lago y las lejanas montañas de Chontales.
Las bahías de Los Chiqueros y Sonzapote son muy acogedoras y tranquilas. También es interesante contemplar desde sus orillas la laguna de Zapatera en cuyo borde se levantaron centros ceremoniales en tiempos prehispánicos.
También ofrece la exploración de las islas vecinas, especialmente la observación de una plancha rupestre con jeroglíficos en la isla de El Muerto.
Debido a su buen estado de conservación de sus ecosistemas y la poca vecindad presenta un ambiente ideal para la observación naturalista y el descanso.
El área presenta cualidades para el desarrollo de infraestructura turística de baja intensidad, en lo que refiere a hotel de montaña, velerismo, natación, pesca deportiva y la instalación de un museo de muestras precolombinas.